Katedralen i Altamura, en af de få hellige bygninger, som Frederick ønskede, blev ikke set afsluttet af ham. Den første sten blev lagt i 1232 på samme tid grundlaget for byen; byggeriet af kirken gik op meget langsomt, og først i det Fjortende århundrede, mere end halvtreds år efter Kejserens død, var i stand til at prale af den storslåede portal, en af de smukkeste i Puglia. Han udtænkt det som en arkitektonisk &.uot; unicum & .uot;, ligesom Castel del Monte. Han gjorde det til en"Unicum " også fra et juridisk synspunkt, fordi han befriede den fra alle Episkopale jurisdiktion; han tog den i virkeligheden, fra magten af biskoppen i nærheden af Gravina og placerede den på hans direkte afhængighed, som en Palatine Kapel, der er, der tilhører den Kongelige Palads.
