Altamuras katedral, en av de få heliga byggnaderna som Fredrik ville ha, sågs inte av honom. Den första stenen lades 1232 samtidigt grunden för staden; byggandet av kyrkan gick upp mycket långsamt, och endast under det fjortonde århundradet, mer än femtio år från kejsarens död, kunde skryta med den magnifika portalen, en av de vackraste av Puglia. Han tänkte det som en arkitektonisk " unicum ", som Castel Del Monte. Han gjorde det till en"Unicum " också ur juridisk synvinkel eftersom han befriade den från all Episcopal jurisdiktion; han tog det faktiskt från biskopens makt i närliggande Gravina och placerade den vid sitt direkta beroende, som ett Palatinska kapell, det vill säga tillhör det kungliga palatset.