Vero e proprio centro iniziale del francescanesimo, la Porziuncola divenne uno dei più importanti luoghi di pellegrinaggio, tanto che Papa Pio V, al termine del Concilio di Trento, decise di far costruire questa grandiosa Basilica con lo scopo di dare nuova vita all'Ordine dei Frati Minori e un'adeguata accoglienza ai numerosi fedeli che già frequentavano la Porziuncola. La chiesa a tre navate, con transetto non sporgente, pianta a cupola incrociata e abside semicircolare, fu progettata da Galeazzo Alessi; fu completata nel 1679 con la costruzione del campanile di destra, che doveva corrispondere a quello di sinistra, che termina proprio sopra il tetto della chiesa.
I terremoti del 1832 causarono il crollo della navata centrale fino alla volta a crociera, sezioni di quelle laterali e la parte superiore della facciata, mentre si salvarono la cupola e l'abside. Il fulcro della Basilica, cioè la Cappella della Porziuncola appare come una piccola chiesa, direttamente sotto la cupola. All'inizio del XIII secolo la chiesa era stata abbandonata tra le querce appartenenti ai monaci benedettini del Subasio. Intorno al 1205, Francesco vi stabilì la sua casa, restaurò la chiesa e fondò l'ordine francescano. Le prime capanne per i monaci fatte di argilla e canne furono costruite intorno alla Porziuncola. Questo fu il luogo dove San Francesco visse più spesso, dove diede a Santa Chiara il suo abito religioso (1212) e dove tenne il Capitolo delle Stuoie (1221), al quale parteciparono più di 5000 frati. La tradizione afferma che qui San Francesco ottenne l'indulgenza plenaria dalla Vergine Maria. La Porziuncola è una costruzione rettangolare molto semplice, realizzata in pietra policroma del Subasio. La parte superiore della facciata è coperta da un affresco (Il perdono di Assisi), di Friedrich Overbeck di Lubecca (1829). Sul lato destro ci sono i resti di due affreschi quattrocenteschi di influenza senese: Madonna col Bambino tra San Francesco e San Bernardino. Sul retro, un affresco del Perugino, il Calvario (la cui parte superiore è andata perduta). L'interno (i battenti sono del XV secolo) ha la volta a crociera, un po' annerita dal fumo delle lampade; all'altare, l'Annunciazione e le storie del Perdono, una grande tavola di Ilario da Viterbo (1393), che realizzò anche la fascia affrescata sulla volta con gli Evangelisti; sulla parete sinistra è un affresco dell'Imago Pietatis.
