Kirik seisab mäe otsas ilusas kohas. Praeguse kiriku saidil oli väike kirik, mille ehitasid Camaldolese mungad XI sajandil ja mis oli pühendatud Saint Basilile. 1258. aasta Cortona ajal kahjustatud kirik ja 1288. aastal Santa Margherita poolt ümberehitatud kirik oli pühendatud Püha Basilile, Püha Egidio Monacole ja Aleksandria Püha katariinale. Püha Margaret elas selle väikese kiriku taga asuvas toas oma elu viimased aastad ja suri seal 1297.aastal. Ta maeti Püha Basili kirikusse. Kohe pärast Margherita surma ehitas cortonesi kiriku kõrval Giovanni Pisano kujundamiseks suurema kiriku ja 1330. aastal kolis pühaku keha. Neljateistkümnenda sajandi hoonest jäävad alles vaid Roosiaken fassaadis, kellatorn ja koori välisseinad. Kogu neljateistkümnenda sajandi kirik jätkuvalt kaunistatud oluline freskod. Sellest seinamaalingu tsüklist on meile jõudnud vaid mõned piiskopkonna Muuseumis säilinud fragmendid,kuid tõendid selle kohta on säilinud seitsmeteistkümnenda sajandi koodis, mis sisaldab kahekümne ühe akvarelliga stseene, mille seinamaalingud kaotasid 1653. aastal, kui nende halva seisundi tõttu neid pestakse. Ellujäänud fragmentide analüüs toob kaasa nende dateerimise umbes 1335. aastal ja nende omistamise ühe või mõlema Lorenzetti vendade töökojale. 1385. aastal usaldati kirik Olivetani munkadele, mis asendati 1389. aastal tähelepanelike alaealistega, kes ikka veel hoolitsevad selle eest ja tervitavad külastajaid. Kirik oli järjestikuste muutusi ajastul, millest seitsmeteistkümnenda sajandi altarid jäävad, kuid kõige olulisem ümberkujundamine, kuid täielikult kadunud, oli üks tahtis keset ' 700 John V, Portugali kuningas, kes oli saanud armu pühak. Praegune kirik on selle asemel XIX sajandi rekonstrueerimise tulemus, mis on usaldatud kõigepealt arhitektile Enrico Presenti, kes asendas algse ühe pikihoone basiilika struktuuriga, seejärel arhitektile Mariano Falcinile, kes lõpetas püha hoone ilma Cortonese meeldimata. Seetõttu tellis arhitekt Giuseppe Castellucci 1896. aastal fassaadi uuesti, mis kannab silma vana lammutatud kiriku neljateistkümnenda sajandi roosiakna. 1927. aasta augustis tõsteti see väikese basiilika väärikaks. Vasakpoolse transepti kabelis on santa Margherita neljateistkümnenda sajandi marmorist haua monument; austatavad jäänused puhkavad kõrgel altaril hõbedases urnis (1646).
