Pühakoda on pühendatud Cortona ja frantsiskaani patrooni Santa Margherita kujule ning sellele järgnenud frantsiskaanide kultuurilisele ja vaimsele tegevusele. Pühaku surma korral (22. veebruar 1297) otsustati tema auks ehitada kirik San Basilio iidse kiriku kõrvale, mille Margherita ise oli taastanud pärast selle valimist patukahetsuse ja palve kohaks. 1304. aastal oli püha hoone juba ehitatud, kuid see jätkas kaunistamist oluliste freskodega kogu neljateistkümnenda sajandi jooksul. Piiskopkonna Muuseumis on meile jõudnud vaid mõned killud sellest seinamaalingust, kuid tõendid selle kohta on säilinud seitsmeteistkümnenda sajandi koodis, mis sisaldab kahekümne ühe akvarellistseeniga seinamaalinguid, mis kaotasid 1653. aastal, kui nende kehva seisundi tõttu neid pestakse. Ellujäänud fragmentide analüüs toob kaasa nende dateerimise umbes 1335. aastal ja nende omistamise ühe või mõlema Lorenzetti vendade töökojale. 1385. aastal usaldati kirik Olivetani munkadele, mis asendati 1389. aastal tähelepanelike alaealistega, kes ikka veel hoolitsevad selle eest ja tervitavad külastajaid. 1927. aasta augustis tõsteti see väikese basiilika väärikaks.
