Kyrkan står på toppen av kullen i en härlig plats. På platsen för den nuvarande kyrkan fanns en liten kyrka byggd av de Camaldolesiska munkarna i XI-talet och tillägnad Saint Basil. Kyrkan skadades under säcken Cortona av 1258 och byggdes 1288 av Santa Margherita var tillägnad St Basil, St Egidio monaco och St.Catherine of Alexandria. Saint Margaret, i ett rum på baksidan av denna lilla kyrka levde de sista åren av sitt liv och dog där i 1297. Hon begravdes i kyrkan St Basil. Strax efter Margheritas död byggde cortonesi, bredvid kyrkan, en större kyrka för att designa av Giovanni Pisano och 1330 flyttade helgonets kropp. Av 1500-talsbyggnaden förblir bara Rosenfönstret i fasaden, klocktornet och körens ytterväggar. Under det fjortonde århundradet kyrkan fortsatte att förskönas med viktiga fresker. Av denna väggmålningscykel har kommit till oss bara några fragment bevarade i stiftet Museum, men bevis på det bevaras i en kod av sjuttonhundratalet som dokumenterar med tjugoen akvarell scener väggmålningar förlorade i 1653 när, på grund av deras dåliga tillstånd av bevarande, de tvättades bort. Analysen av de överlevande fragmenten leder till datum dem runt 1335 och att tillskriva dem till verkstaden för en eller båda bröderna Lorenzetti. I 1385 kyrkan anförtroddes Olivetan munkar, ersattes 1389 av de observanta minderåriga som fortfarande tar hand om det och välkomnar besökare. Kyrkan hade successiva omvandlingar i modern tid, varav sjuttonhundratalet altare kvar, men den viktigaste omvandlingen, men helt försvunnit, var den som ville i mitten av ' 700 av John V, Kung av Portugal, som hade fått en nåd från helgonet. Den nuvarande kyrkan är istället resultatet av 1800-talets återuppbyggnad, som först anförtrotts arkitekten Enrico Presenti, som ersatte den ursprungliga singeln nave med en basilica struktur, sedan till arkitekten Mariano Falcini, som avslutade den heliga byggnaden utan att glädja cortoneserna. Därför fick arkitekten Giuseppe Castellucci 1896 i uppdrag att göra om fasaden, som bär i ögat det fjortonde århundradet rosenfönstret i den gamla rivna kyrkan. I augusti 1927 var det upphöjt till värdighet mindre basilika. I kapellet i den vänstra transept är det fjortonde århundradet marmor gravmonumentet santa Margherita; de vördade resterna vila i silver urn (1646) vid det höga altaret.
