Biserica se află în partea de sus a dealului într-o locație minunată. Pe locul actualei biserici a existat o mică biserică construită de călugării Camaldolezi în secolul al XI-lea și dedicată Sfântului Vasile. Biserica a fost avariată în timpul sacului Cortona din 1258 și reconstruită în 1288 de Santa Margherita a fost dedicată Sf. Sfânta Margareta, într-o cameră din spatele acestei bisericuțe, a trăit ultimii ani din viață și a murit acolo în 1297. A fost îngropată în Biserica Sf. Imediat după moartea Margherita de cortonesi, lângă biserică, a construit o biserică mai mare la design de Giovanni Pisano și în 1330 s-a mutat corpul Sfântului. Din clădirea din secolul al XIV-lea rămân doar fereastra de trandafiri din fațadă, clopotnița și pereții exteriori ai corului. De-a lungul secolului al XIV-lea biserica a continuat să fie înfrumusețată cu fresce importante. De această pictură murală ciclu au venit la noi doar câteva fragmente păstrate în Muzeul Eparhial, dar dovada este păstrată într-un cod al xvii-lea că documentele cu douăzeci și unu de watercolored scene din picturile murale pierdut în 1653, când, din cauza lor stare de Conservare precară, au fost spălate. Analiza fragmentelor supraviețuitoare duce la data lor în jurul anului 1335 și să le atribuie atelierului unuia sau ambilor frați Lorenzetti. În 1385 biserica a fost încredințată călugărilor Olivetani, înlocuiți în 1389 de minorii observatori care încă se ocupă de ea și primesc vizitatori. Biserica a avut transformări succesive în epoca modernă, din care al xvii-lea altare rămână, dar cea mai importantă transformare, dar a dispărut complet, a fost cel care a vrut în mijlocul de 700 de Ioan V, Rege al Portugaliei, care au primit un har de la Saint. Biserica actuală este, în schimb, rezultat al xix-lea reconstrucție, încredințată în primul rând să arhitectul Enrico Presenti, care l-a înlocuit originalul singur naos cu o bazilica structura, apoi la arhitect Mariano Falcini, care a terminat clădire sacră, fără a plăcut cortonese. Prin urmare, în 1896, arhitectul Giuseppe Castellucci a fost însărcinat să refacă fațada, care poartă în ochi fereastra de trandafiri din secolul al XIV-lea a vechii biserici demolate. În August 1927 a fost ridicată la demnitatea bazilicii minore. În capela transeptului stâng se află mormântul de marmură din secolul al XIV-lea al lui santa Margherita; rămășițele venerate se odihnesc în urna de argint (1646) de la Altarul înalt.
