Bazilika svätého Mikuláša je najvýznamnejšou stavbou apulskej románskej architektúry. Stavala sa od roku 1087, keď námorníci ukradli relikvie svätca z Bari do svätyne v meste Mira, a stala sa záväzným vzorom pre výstavbu mnohých budov v regióne.Odnesenie relikvií prišlo v čase, keď sa mesto Bari snažilo získať späť nadvládu v regióne po nepokojnom období nástupu Normanov k moci. Relikvie neboli odovzdané mestskému biskupovi, ale benediktínskemu mníchovi Eliášovi, ktorému sa podarilo získať povolenie od Rogera Borsa, Guiscardovho syna, na výstavbu novej svätyne, ktorá by bola pre obyvateľov Bari referenčným bodom proti biskupskej moci. Výstavba prebiehala veľmi rýchlo, ak už v roku 1089 pápež Urban II. posvätil oltár krypty, aby sa tak stalo súčasne s prekladom relikvií. Smútočné udalosti v Bari spomalili výstavbu kostola minimálne do rokov po roku 1156, keď mesto zničil Viliam I. Zlý. Nová stavebná kampaň viedla ku konečnému vysväteniu v roku 1197. Fasáda je poslednou ukončenou časťou kostola, a preto sa najviac líši od pôvodného návrhu.Fasáda, uzavretá medzi dvoma vežami, je trojdielna s pilastrami. Pôvodne obsahovala portikus, ktorý sa nikdy nerealizoval a mal zakrývať jediný portál so stredovým profilom. Portikus bol pridaný v druhej stavebnej fáze, rovnako ako dva bočné portály, aby sa viac zvýraznila spodná časť fasády.Vonkajší vlys klenby je pokrytý obývanou ratolesťou, ktorá symbolizuje eucharistický motív. V rohoch sú na dvoch nízkych byzantských reliéfoch vyobrazení dvaja anjeli adresujúci obetu svätému Mikulášovi, ktorý je zobrazený v strede lunety.Bočná strana kostola je prerušená mohutnými oblúkmi, ktoré pôdorysne rozširujú šírku lode tak, aby sa vyrovnala šírke transeptu. Nad nimi je päť vzdušných lodžií hexaforo na berlových hlaviciach. Oblúky boli v 14. storočí uzavreté, aby sa vo vnútri kostola vytvorili vznešené kaplnky, a obnovené boli až pri rekonštrukcii v 20. storočí. Pod jedným z oblúkov sa nachádza Porta dei Leoni (Levia brána), najvýznamnejší sochársky a architektonický súbor kostola.Portál úplne obklopený rímsou pokrytou obývaným viničom je prekrytý archivoltou pokrytou postavami ozbrojených rytierov. Okolo neho vystupujúca rímsa padá na dva stĺpy podopreté štylizovanými levmi.Na rímsach a architrávoch sa ľudské a zvieracie postavy pohybujú smerom ku kantáru v strede. Interiér baziliky bol po zemetrasení v roku 1456 zásadne zmenený výstavbou troch priečnych oblúkov. Najvýchodnejší oblúk spočíva na kompozitných pilieroch, ktoré prerušujú rady pozdĺžnych stĺpov. Ďalšie dva si vyžiadali zdvojenie stĺpov prvých dvoch radov lode opätovným použitím starobylých exemplárov, ktoré sú na mieste stále k dispozícii.Nivy sú zaklenuté krížovými klenbami, ktorých priečne oblúky dosadajú na polstĺpy opreté o bočné steny.Trojitý oblúk so zaujímavými hlavicami oddeľuje loď od transeptu.Bočné apsidy sú oveľa menšie ako centrálna. Fasády transeptov otvárajú dva rady dvojitých lunetových okien; pod nimi je zavesená cesta spájajúca ženské galérie s apsidovými vežami. Pod transeptom sa rozprestiera krypta, do ktorej vedú dve bočné schodiská. Je rozdelená na tridsaťšesť priečne zaklenutých polí a má veľmi zaujímavý súbor hlavíc: väčšina z nich bola pre kryptu vyhotovená v rokoch 1087 až 1089.
