Fundado en 1917 como "Museo Cívico del Resurgimiento", el Museo de la Ciudad se creó en un momento muy crítico tanto a nivel militar como social para la continuación de la Primera Guerra Mundial, con el objetivo declarado a nivel educativo de "crear incluso en las generaciones más jóvenes la idea de Patria".
A raíz de un proyecto cultural de Antonio Locatelli y Locatelli Milesi, en 1933 el Museo del Risorgimento e Lapidario, alojado en la Universidad desde su apertura en 1917, fue trasladado y reubicado en el edificio de los artilleros venecianos dentro de la torre del homenaje. Entre las principales novedades se encuentra el énfasis puesto en los acontecimientos y personalidades locales, una sección dedicada a la Primera Guerra Mundial, presentada como el cierre del Risorgimento, pero sobre todo la visión fascista de la historia: las guerras coloniales como reconstitución del Imperio Romano y necesidad histórica para Italia, la guerra como "lavacro" para el pueblo itálico, el Risorgimento en su dimensión mitopoética, heroicizada y alejada de la dimensión social.
La remodelación del Museo de Bérgamo en 1959 no se aparta de los temas de su fundación, con la anterior línea patriótico-celebral atenta al ámbito local, en el que, sin embargo, surge la Resistencia, interpretada como una lucha secular contra la supuesta bestialidad germánica, mientras que el período fascista de veinte años está ausente, si excluimos las guerras coloniales y una sección dedicada a Antonio Locatelli.
En 1997, después de veinte años de cierre, se reabrió como "Museo Histórico de la Ciudad de Bérgamo" en el Convento de San Francisco, con un trazado provisional redefinido el 7 de mayo de 2004 con ocasión del traslado a la sede restaurada de la Rocca y un nuevo cambio de nombre, debido a la atención prestada a todo el territorio oróbico: Museo Histórico de Bérgamo.
En 2014, con motivo de una importante renovación del itinerario de exposiciones y de las colecciones, el museo vuelve a abrirse al público y recibe el nombre de Mauro Gelfi, director desde 1997 hasta 2010.
