Pracę nad budową tej parafii rozpoczęły się w 1247 roku z woli podesty di Massa Marittima, a zakończyły w 1252 roku. W tym czasie był to jedyny kościół w murach dzielnicy Novigrad i został zbudowany w celu zaspokojenia wzrostu liczby ludności. Fakt, że została zamówiona przez wolną gminę, wskazuje na gotowość do dochodzenia swojej autonomii nawet w sferze kościelnej. Kościół miał jedną nawę, dach wykonany z krokwi i łuków wsporczych i pełnił funkcje katedry do czasu wybudowania katedry św. Cerbona. W 1273 roku gmina przekazała Kościół mnichom augustyńskim, którzy utworzyli tam klasztor, ale po około dwudziestu latach przenieśli parafię do nowego kościoła św. Augustyna, tuż obok niego. Od końca XVIII wieku do drugiej połowy XVIII wieku budynek był wykorzystywany jako klasztor, a później stał się domem dla przedszkoli i szkół podstawowych. Dziś Kościół San Pietro All ' Orto pełni funkcję domu Tretiaka Novigrada, a w pozostałej części budynku znajduje się muzeum sztuki sakralnej, kolekcja sztuki współczesnej Angiolino Martini i Muzeum Starożytnych organów mechanicznych.
