L'église a été inscrite sur la liste du patrimoine mondial de l'UNESCO en 1980 comme l'un des plus grands exemples de l'art de la Renaissance. Deux signatures immortelles ont fait entrer ce temple, qui se dresse sur la place du même nom, dans l'histoire de la civilisation : Donato Bramante et Léonard de Vinci. L'église a été construite entre 1466 et 1490 sur un projet de l'architecte Guiniforte Solari. Cependant, quelques années plus tard, Ludovico il Moro fit appel à Bramante, qui reconstruisit la zone de l'abside, laissant l'empreinte de son art dans la grandiose Tribuna, un exemple d'architecture spatiale de la Renaissance. Le grand architecte d'Urbino a également conçu deux autres joyaux de l'église : le cloître et l'ancienne sacristie. Dans le réfectoire de l'ancien couvent dominicain, Léonard a peint sur l'un des murs la célèbre "Cène", commencée en 1494 et terminée environ deux ans plus tard. Léonard n'a pas peint le tableau à fresque, comme c'était la coutume, mais sur un mur sec, en utilisant une tempera spéciale (qui défie malheureusement encore aujourd'hui les meilleures techniques de restauration). Il a ainsi pu retoucher la peinture et adapter le dessin, jusqu'à la fin, à la formation tumultueuse de l'image dans son esprit et aux longues pauses qui marquaient les moments de son travail. Un peu plus de vingt ans après son achèvement, le tableau était déjà dans un état précaire, qui n'a cessé de se détériorer et a donné lieu à une longue série d'opérations de récupération au fil des siècles. Sur le mur opposé se trouve la Crucifixion (1495) de Giovanni Donato Montorfano.
