Ang simbahan ay nakatayo sa tuktok ng burol sa isang magandang lokasyon. Sa site ng kasalukuyang simbahan mayroong isang maliit na simbahan na itinayo ng mga monghe ng Camaldolese noong XI siglo at nakatuon sa Saint Basil. Ang simbahan ay nasira sa panahon ng sako ng Cortona ng 1258 at itinayong muli sa 1288 sa pamamagitan ng Santa Margherita ay nakatuon sa St. Basil, St. Egidio monaco at St. Catherine ng Alexandria. Si Saint Margaret, sa isang silid sa likuran ng maliit na simbahan na ito ay nabuhay sa mga huling taon ng kanyang buhay at namatay doon noong 1297. Siya ay inilibing sa Simbahan ng St. Basil. Kaagad pagkatapos ng pagkamatay ni Margherita ang cortonesi, sa tabi ng simbahan, ay nagtayo ng isang mas malaking simbahan upang idisenyo ni Giovanni Pisano at noong 1330 ay inilipat ang katawan ng Santo. Sa ika-labing apat na siglo na gusali ay nananatili lamang ang rosas na bintana sa harapan, ang kampana ng kampanilya at ang mga panlabas na dingding ng koro. Sa buong ika-labing apat na siglo ang simbahan ay patuloy na pinalamutian ng mga mahahalagang fresco. Sa siklo ng mural na ito ay dumating sa amin lamang ng ilang mga fragment na napanatili sa Diocesan Museum, ngunit ang katibayan nito ay napanatili sa isang code ng ikalabing siyam na siglo na ang mga dokumento na may dalawampu ' t isang mga watercolored na eksena ang mga kuwadro na gawa sa dingding ay nawala noong 1653 nang, dahil sa kanilang hindi magandang Ang pagsusuri ng mga nakaligtas na mga fragment ay humahantong sa petsa ng mga ito sa paligid ng 1335 at upang maiugnay ang mga ito sa pagawaan ng isa o pareho ng mga kapatid na Lorenzetti. Noong 1385 ang simbahan ay ipinagkatiwala sa mga monghe ng Olivetan, pinalitan noong 1389 ng mga mapagmasid na menor de edad na nag-aalaga pa rin dito at tinatanggap ang mga bisita. Ang simbahan ay may sunud-sunod na pagbabagong-anyo sa modernong panahon, kung saan nananatili ang ikalabing siyam na siglo na mga altar, ngunit ang pinakamahalagang pagbabagong-anyo, ngunit ganap na nawala, ay ang nais sa gitna ng '700 ni John V, hari ng Portugal, na nakatanggap ng isang biyaya mula sa Santo. Ang kasalukuyang simbahan ay sa halip ay bunga ng ikalabing siyam na siglo na muling pagtatayo, na ipinagkatiwala muna sa arkitekto na si Enrico Presenti, na pinalitan ang orihinal na solong nave ng isang istraktura ng basilica, pagkatapos ay sa arkitekto na si Mariano Falcini, na natapos ang sagradong gusali nang hindi nakalulugod sa cortonese. Samakatuwid, noong 1896 ang arkitekto na si Giuseppe Castellucci ay inatasan na gawing muli ang harapan, na nakikita ang labing-apat na siglo na rosas na bintana ng lumang buwag na simbahan. Noong Agosto 1927 ito ay nakataas sa dignidad ng Minor basilica. Sa kapilya ng kaliwang transept ay ang ika-labing-apat na siglo na marmol na sepulchral monument ng santa Margherita; ang pinarangalan ay nananatiling pahinga sa pilak na urn (1646) sa mataas na dambana.