Según la leyenda, el nombre deriva de un tocón que floreció milagrosamente durante el invierno y que, según una aparición de la Virgen María, mostró a la piadosa pareja Antimo y Bendinella el lugar donde debía fundarse el hospital. También se cree que el nombre deriva del "tronco" de castaño hueco que se utilizaba para recoger las ofrendas. El Ospedale del Ceppo se convirtió en el principal hospital de la ciudad durante la epidemia de peste negra que asoló Pistoia en 1348, y gracias a los diversos legados que los pacientes donaron al hospital en sus testamentos, al final de la epidemia el hospital se encontró con un vasto patrimonio inmobiliario, y comenzó a ampliar este hospital, construyéndolo literalmente sobre el río Brana que pasaba por debajo, creando una especie de túnel con techo en forma de campana que servía de "sótano" para el propio hospital.
Estos túneles pueden verse ahora gracias a Pistoia Sotterranea, que le acompañará, junto a un guía experto, por este recorrido que serpentea durante unos 650 metros bajo el hospital.
Sin embargo, lo realmente interesante de visitar en el interior del Hospital son las salas históricas del mismo que dan testimonio de la gran tradición médica de la ciudad: el Anfiteatro Anatómico más pequeño del mundo, perfectamente conservado. Se utilizaba como sala de aprendizaje, donde el profesor médico viviseccionaba cadáveres delante de los estudiantes sentados en los bancos circulares. Se considera que es el más pequeño porque sólo tiene 10 plazas. También puede visitar la Sala de la Academia de Medicina "Filippo Pacini", que alberga una notable colección de instrumentos quirúrgicos de los siglos XVIII y XIX.
