La Iglesia Madre, dedicada a Santa María de la Natividad, representa para Noci el centro catalizador de todos los acontecimientos históricos, religiosos y civiles. Sus orígenes aún no están claros. Constituyó la primera entidad histórica de Noci: sus devotos constructores la llamaron Sancta Maria de Nucibus, dedicándola a la Virgen María y derivando el título de los numerosos nogales que la rodeaban. El primer asentamiento se formó alrededor de la iglesia, que en pocos siglos se identificó como el Casale di Santa Maria delle Noci.
En 1180, el arzobispo Rainaldo de Bari, en nombre del papa Alejandro III, reconoció la iglesia de Sancta Maria de Nucibus bajo la jurisdicción de Cafisio, obispo de Conversano; en 1240, por orden del emperador Federico II, los hombres de Noci fueron obligados a contribuir a los gastos de reparación del castillo de Ruvo.
La antigua historiografía y la tradición locales datan la construcción de la iglesia en 1316, obra del príncipe de Taranto Filippo I d'Angiò en honor a la Virgen. Cuenta la leyenda que el príncipe acudió a cazar a los bosques de Noci y fue sorprendido por una violenta tormenta que puso en peligro su propia vida. Refugiado bajo un nogal, juró que si escapaba del peligro construiría una iglesia en honor a la Virgen. Es cierto que los angevinos tuvieron una gran influencia en el desarrollo urbano de Noci. Ya en 1470, la iglesia fue ampliada por el conde Giuliantonio Acquaviva de Conversano.
Con el tiempo, se sucedieron otras reformas y ampliaciones, especialmente en los siglos XVIII y XIX, que modificaron la estructura gótica primitiva de la iglesia. La fachada sufrió sus últimas intervenciones en 1826, cuando se colocó el gran tímpano de estilo clásico.
El campanario, de unos 35 metros de altura, fue construido en lugar del preexistente entre 1758 y 1761 por albañiles de Nocera según un diseño del arquitecto Magarelli de Monopoli. El interior de la iglesia, con tres naves y un altar y coro elevados, está enriquecido con numerosas obras de arte en lienzo y piedra. Cabe destacar el políptico de piedra policromada, probablemente de la escuela de Nuzzo Barba da Galatina (finales del siglo XV), situado en el crucero detrás del altar mayor, y la Virgen entronizada con el Niño en la capilla de la Virgen de Loreto, obra atribuida al escultor Stefano da Putignano (siglo XVI). Es interesante el ciclo pictórico de los frescos de la Capilla de la Santísima Trinidad -al final de la nave derecha de la Iglesia- que data de la fase gótica tardía de la Matriz.
