De onafgewerkte buitenkant heeft een prachtig marmeren portaal. Binnen bevinden zich de resten van Jacopone da Todi. De plattegrond van de kerk heeft drie gotische schepen, elk met een ingang vanaf de voorgevel en deuren versierd met geschilderde bas-reliëfs met afbeeldingen van heiligen, bijbelse profeten en florale ornamenten. Langs de beuken staan 13 kapellen met fresco's en beelden, waaronder het prachtige fresco van de Madonna met kind met twee engelen door Masolino da Panicale.Afdalend in de crypte bevinden zich het marmeren graf van San Fortunato en de grafsteen van Jacopone. Vanuit de sacristie kan men, als men de hoge klokkentoren beklimt, een prachtig panorama van de typische Umbrische heuvels bewonderen.
