La antigua ciudad de Gnathia, citada por los autores clásicos por su privilegiada posición geográfica, era un estratégico puerto comercial de escala en la conexión entre Occidente y Oriente. El primer asentamiento surgió en el siglo XVI a.C. y tuvo continuidad de vida hasta la Edad de Hierro, cuando todo el territorio de Apulia estaba habitado por los Iapigi. Hacia finales del siglo VI a.C., Egnazia se convirtió en un asentamiento de Messapia, correspondiente a las actuales provincias de Brindisi y Lecce. A partir del siglo III a.C., con la presencia romana en el territorio, la ciudad se transformó y en el siglo I a.C. adquirió el estatus de municipio, asumiendo gran importancia gracias a la presencia del puerto y de la Vía Traiana. A partir del siglo VI d.C. la parte baja del área habitada fue progresivamente abandonada y el asentamiento continuó en la Acrópolis, hasta el siglo XIII. De la fase mesapiense de Egnazia quedan las poderosas murallas defensivas y la necrópolis, con tumbas de pozo, semicámaras y tumbas de cámara monumentales. De la ciudad romana se pueden admirar los restos de la Vía Traiana, la Basílica Civil con la sala de las Tres Gracias, el Sacellum de los dioses orientales, la plaza porticada, el criptopórtico y las termas. Entre los edificios de culto cristiano, construidos entre los siglos IV y VI d.C., se encuentran la Basílica Episcopal con su baptisterio y la Basílica del Sur, originalmente pavimentada con mosaicos. El museo, construido en 1975 fuera de los muros de la antigua Gnathia, en el borde de la necrópolis occidental, ha acogido una serie de exposiciones temporales desde 1981, manteniendo también de forma permanente una exposición didáctica sobre "Egnazia, historia y monumentos". La disposición actual, situada en el entresuelo donde se encuentran también las oficinas de administración y secretaría, se inauguró en julio de 2013. La exposición, dividida en 7 secciones, cuenta los acontecimientos que caracterizaron la investigación arqueológica en Egnazia y la evolución histórica del sitio desde el siglo XVI a.C. hasta el siglo XIII d.C., época de abandono. Los hallazgos e imágenes ilustran las peculiaridades que caracterizaron el primer asentamiento de cabañas en la Edad de Bronce, la influencia de la cultura Iapigia y Messapiana, la fase romana y la primera cristiana, con la ciudad convertida en obispado. En la última sección se recogen testimonios relacionados con la presencia de los longobardos y los últimos rastros de la frecuentación de la zona. Los hallazgos proceden de excavaciones realizadas en la zona habitada y en la necrópolis de Egnazia, pero también del territorio. Entre los cimientos del museo se encuentra también una tumba de cámara mesapica del siglo IV a.C., la llamada Tumba de las Granadas.