El Museu Lapidario Estense és el primer museu públic establert a Mòdena. La seva fundació és deguda a Duc Francesc IV d'Àustria-Este, que a 31 de Març de 1828 va decretar el seu naixement amb el nom de la Modenese Museu Lapidari. Va ser inspirat per il·lustres exemples com el de la Maffeiano Museu Lapidari a Verona (1738), o la lapidària Galeria a la Chiaramonti Museu del Vaticà (1800-1823), però amb una peculiar cívic vocació dirigida a la glòria del passat il·lustre de la ciutat des dels seus orígens com a colònia Romana de Mutina.
El nucli inicial va consistir en algunes peces ja que conserva el Palau Ducal a Mòdena, adquirit per l'Est d'altres antiquari, col·leccions o com l'excavació troba des de la Ducal territoris de Brescello i Novellara. Des del primer moment, els ciutadans, començant amb els representants del clergat i de la noblesa, es van comprometre a donar els materials per les seves propietats i finançar el museu, que en un parell d'anys va registrar un augment important, que està certificada per les dues inscripcions commemoratives dels seus benefactors (1828 i 1830) encara es conserva. El científic catàleg publicat en 1830 pel seu primer director, Carlo Malmusi, estableix els principis que han inspirat la institució:" per servir a l'arqueologia "," per a la memòria d'il·lustres avantpassats "i" per estudiar el progrés de locals escultura ". A més a més de les troballes de l'època romana, de fet, es va donar la benvinguda immediatament a la memòria i arche enterrament durant segles, fins a finals del segle Xvii, havia estat col · locat en el churchyard a la banda sud de la Catedral o en altres edificis sagrats de Mòdena i Reggio Emilia: una pràctica va sorgir fins i tot en l'època de la protoumanistica, sobre la base de les prop de Bolonya, en memòria d'aquells ciutadans que es van destacar sobretot en l'àmbit del dret i la medicina.
Després de la unificació d'Itàlia, el Museu Lapidario adquirit nous espais sota la direcció de Arsenio Crespellani, autor d'un nou catàleg en 1897. L'últim museogràfic disposició va ser la de Cesare Giorgi de 1938, va recuperar amb la cura de les obres de restauració de finals del segle passat.