O Museu Cívico do Palazzo Te está localizado nas salas do andar superior. Há quatro colecções em exposição:
Secção Gonzaghesca A seção é composta de materiais relacionados principalmente para a história de mântua na idade gonzaga (1328-1707): uma Coleção de Moedas consiste em 595 moedas produzidas pela casa da moeda da cidade de Mântua, um conjunto de cones e socos, o antigo conjunto de pesos e medidas do Estado de Mântua, e uma coleção de 62 medalhas da família Gonzaga, e de ilustres personagens mantovani.
Doação " Arnoldo Mondadori" A seção é composta por dezenove pinturas de Federico Zandomeneghi (1841-1917), e por treze, de Armando Spadini (1883-1925), coletadas por Arnoldo Mondadori e doadas em 1974 pelos herdeiros do editor de origem mantuana.
Colecção egípcia " Giuseppe Acerbi " Giuseppe Acerbi (1773-1846), Cônsul Geral da Áustria no Egito, participou, em 1829, em algumas fases da famosa expedição arqueológica liderada por Jean François Champollion. Constituiu uma importante coleção de materiais arqueológicos, 500 peças que em 1840 ele doou para a cidade de Mântua. Agora a sua colecção está totalmente exposta no Palazzo Te.
Colecção mesopotâmica " Ugo Sissa" A coleção, formada por Ugo Sissa, arquiteto e pintor Mantuano (1913-1980), arquiteto-chefe, em Bagdá, entre 1953 e 1958, consiste em cerca de 250 peças de arte Mesopotâmica namoro entre o final do sexto milênio A.C. e o final do primeiro milênio dc.
