L'église de Santa Maria di Rivotorto se trouve à quelques kilomètres de Santa Maria degli Angeli et a été construite, dans un style néo-gothique à la suite du tremblement de terre de 1854, sur le site d'un bâtiment précédent construit pour protéger le "Tugurio francescano" qui est maintenant conservé à l'intérieur de l'église. Il s'agit des ruines d'un lieu où, selon la tradition, le Saint et ses compagnons se sont réfugiés pour prier et méditer. Sur la façade de l'église se trouvent les armoiries de la Basilique de Saint François (dont dépendait le sanctuaire) et, au-dessus de la porte principale, la phrase : "Hic primordia Fratrum Minorum" (Ici les débuts des Frères Mineurs), qui rappelle la tradition, selon laquelle Saint François a établi les fondements de la Règle franciscaine.
L'intérieur de l'église comporte trois nefs, séparées par des colonnes polygonales. Vous y trouverez l'humble "tugurio di somma umilitate", sur le site où il a été découvert, le lieu où le saint s'est réfugié avec Bernardo da Quintavalle et Pietro di Catanio. Il est formé de trois petites pièces, dont la seconde sert de chapelle, avec un autel de communion du XVe siècle sur un cippe octogonal. Dans l'église, sur la contre-façade, se trouve un tableau de Saint Michel Archange de Domenico Mattei. Sur les murs se trouvent des peintures de Cesare Sermei faisant allusion à l'histoire franciscaine.
