Le tombeau de Sainte Claire a été conçu et voulu à l'extérieur de la porte de la ville, dans l'église de San Giorgio, où François était déjà enterré provisoirement et où la Sainte a été enterrée le 12 août 1253. L'église de San Giorgio se trouvait juste devant la porte de la ville du même nom, un peu plus bas que la route qui, en quittant la ville, allait "contre Ispellum" ; une autre route montait à San Rufino, et une troisième, longeant le mur romain, descendait vers Porta Moiano. C'est pourquoi le lieu s'appelait "Tribium S. Georgii". Entre la route et l'église, il y avait, il n'y a pas si longtemps, un hôpital rattaché à l'église ; tout dépendait du chapitre de la cathédrale.
Alors que pour le mausolée, qui devait être érigé en l'honneur de Saint François, le lieu n'a été déterminé que deux ans après sa mort, pour celui qui devait être dédié à Sainte Claire, il a été immédiatement orienté vers le côté opposé de la ville, à côté de l'église de Saint Georges (Marino Bigaroni, La Basilica di S. Chiara in Assisi, p.13). Trois ans après sa mort et un an après la canonisation de Sainte-Claire, la construction de la basilique Sainte-Claire commença en 1257 autour de l'ancienne église Saint-Georges, qui avait conservé les restes mortels de Saint François jusqu'en 1230. La dépouille mortelle du saint a déjà été déplacée en 1260, tandis que la consécration solennelle a eu lieu en 1265, en présence de Clément IV. Les travaux de construction ont été réalisés par l'architecte Filippo da Campello. La crypte qui abrite aujourd'hui le tombeau du saint n'a été construite qu'en 1850.
