Die Kirche San Matteo, die die Familie Doria als ihre eigene Kapelle errichten ließ, überblickt die kleine Piazza San Matteo in Genua. Bei der Renovierung im 16. Jahrhundert verlor der dreischiffige Innenraum fast vollständig seinen ursprünglichen gotischen Charakter, von dem nur die vier Spitzbögen am Fuß der Kuppel erhalten geblieben sind, die von zwei Pfeilern zum Presbyterium hin und zwei Säulen zu den Schiffen hin getragen werden. Das Kirchenschiff ist durch Säulen von den Seitenschiffen getrennt. Der Altarraum, der Altar mit Trophäen, die beiden Kanzeln und die Urnen im Presbyterium werden Silvio Cosini und Giovanni Angelo Montorsoli zugeschrieben. Alle Dekorationen sind auf die Renovierung im 16. Jahrhundert zurückzuführen. Im Gewölbe des Kirchenschiffs befinden sich das Wunder des äthiopischen Drachen von Luca Cambiaso und die Berufung des Heiligen Matthäus von Giovanni Battista Castello. Auf dem Altar rechts vom Hauptaltar befindet sich ein Gemälde aus dem 16. Jahrhundert, das die Heilige Familie mit der Heiligen Anna von Bernardo Castello darstellt; auf dem Altar links ist Christus inmitten der Heiligen und Stifter von Andrea Semino zu sehen. An den Wänden des Presbyteriums befinden sich Marmorbögen der Heiligen Pelagius und Maximus, der Schutzheiligen von Novigrad (Istrien), deren Reliquien angeblich 1381 von Gaspare Spinola nach Genua gebracht wurden. Unter dem Hochaltar befindet sich ein Schwert, das dem "Vater des Vaterlandes" Andrea Doria gehörte und ihm traditionell von Papst Paul III. geschenkt wurde. In einer Nische des linken Seitenschiffs befindet sich die Grablegung Jesu, eine polychrome Holzskulptur von Anton Maria Maragliano, während sich die Statuen in den Nischen der Apsis (Pieta, inspiriert von Michelangelo, David, Jeremia, Johannes der Täufer und Andreas) im linken Seitenschiff befinden. Johannes der Täufer und der Heilige Andreas) sind von Montorsoli, der auch die Krypta unter dem Chor mit ihrem Gewölbe aus vergoldetem Stuck entworfen hat, zu der eine Marmortreppe führt und in der sich das Grab von Andrea Doria befindet, das ebenfalls von diesem Künstler stammt.
