Die der Muttergottes der Tugenden geweihte Felsenkirche wurde um das Jahr 1000 zusammen mit dem angrenzenden Kloster errichtet, das die erste Niederlassung der Nonnen aus Accon beherbergen sollte. Es ist ein Beispiel für eine Architektur "im Negativ", die vollständig durch Grabungen im Kalkstein entstanden ist. Die Kirche besteht aus einem Kirchenschiff und zwei durch Säulen getrennten Seitenschiffen, an deren Boden sich jeweils eine Apsis öffnet, in deren Kuppelgewölbe ein Kreuz eingemeißelt ist. Die Decke ist auf Eselsrücken mit Basreliefbögen verziert. Die Apsis des Kirchenschiffs wird durch einen Bildkomplex aus dem achtzehnten Jahrhundert von beträchtlichem künstlerischem Wert verschönert, der die Kreuzigung mit der Madonna und dem Heiligen Johannes darstellt. Die größte bauliche Veränderung der Kirche geht auf das Jahr 1934 zurück, als durch den Bau des Straßennetzes der Sassi ein Seitenschiff umgestaltet wurde. Darüber befindet sich die Klostersiedlung San Nicola dei Greci; sie wurde um das 10. Jahrhundert erbaut und ist eine der ältesten Krypten in der Stadt Matera. Im Laufe seiner Geschichte hat es erhebliche Veränderungen erfahren, die es schwierig machen, die ursprünglichen architektonischen Elemente zu erfassen. Die Krypta besteht aus zwei Schiffen mit zwei Apsiden, aber das Element, das sie charakterisiert, ist der Bildkomplex, der die Wände schmückt: Das apsidale Becken beherbergt ein Fresko aus dem vierzehnten Jahrhundert, das die Kreuzigung mit der Madonna und dem heiligen Johannes dem Täufer an den Seiten darstellt; im linken Schiff befindet sich ein Triptychon der Heiligen, das zwischen dem dreizehnten und vierzehnten Jahrhundert entstanden ist. Gegenwärtig werden sowohl die Kirche der Madonna delle Virtù als auch die Krypta von San Nicola dei Greci als Ausstellungsräume für bedeutende Ausstellungen zeitgenössischer Kunst genutzt.
