L'église de San Matteo, que la famille Doria avait fait construire comme sa propre chapelle, donne sur la petite Piazza San Matteo de Gênes. Au cours de la rénovation du XVIe siècle, l'intérieur à trois nefs a presque complètement perdu son caractère gothique d'origine, dont il ne reste que les quatre arcs brisés à la base de la coupole, soutenus par deux piliers vers le presbytère et deux colonnes vers les nefs. La nef est séparée des nefs latérales par des colonnes. Le chœur, l'autel avec les trophées, les deux chaires et les urnes du presbytère sont attribués à Silvio Cosini et Giovanni Angelo Montorsoli. Toutes les décorations présentes sont attribuables à la rénovation du XVIe siècle. Dans la voûte de la nef se trouve le Miracle du dragon éthiopien de Luca Cambiaso et la Vocation de Saint Matthieu de Giovanni Battista Castello. Sur l'autel à droite du maître-autel se trouve une peinture du XVIe siècle représentant la Sainte Famille avec Sainte Anne par Bernardo Castello ; sur l'autel à gauche se trouve le Christ parmi les saints et les donateurs par Andrea Semino. Sur les murs du presbytère se trouvent des arcs en marbre des saints Pelagius et Maximus, patrons de Novigrad, en Istrie, dont les reliques auraient été apportées à Gênes par Gaspare Spinola en 1381. Sous le maître-autel se trouve une épée ayant appartenu au "père de la patrie" Andrea Doria, qui lui a été traditionnellement offerte par le pape Paul III. Dans une niche de la nef de gauche se trouve la Déposition de Jésus au Sépulcre, une sculpture en bois polychrome d'Anton Maria Maragliano, tandis que les statues des niches de l'abside (Pieta, inspirée par Michel-Ange, David, Jérémie, Saint Jean-Baptiste et Saint-André) se trouvent dans la nef de gauche. Jean Baptiste et Saint André) sont de Montorsoli, qui a également conçu la crypte sous le chœur, avec sa voûte en stuc doré, à laquelle on accède par un escalier en marbre, qui abrite la tombe d'Andrea Doria, également du même artiste.