Die Arbeiten für den Bau dieser Pfarrei begannen im Jahr 1247 auf Wunsch des Podestà von Massa Marittima und endeten 1252. Zu dieser Zeit war dies die einzige Kirche innerhalb der Mauern des Stadtteils Cittanova und sie wurde gebaut, um dem Wachstum der Bevölkerung gerecht zu werden. Die Tatsache, dass sie von der Freien Kommune in Auftrag gegeben wurde, deutet auf den Wunsch hin, ihre Autonomie auch im kirchlichen Bereich zu behaupten. Die Kirche war einschiffig, das Dach aus Fachwerk und Stützbögen und erfüllte die Funktionen der Kathedrale, bis die Kathedrale von San Cerbone gebaut wurde. Im Jahr 1273 trat die Gemeinde die Kirche an die Augustinermönche ab, die ein Kloster gründeten, aber etwa zwanzig Jahre später die Pfarrei in die nagelneue Kirche Sant'Agostino, gleich nebenan, verlegten. Jahrhunderts wurde das Gebäude als Kloster genutzt und wurde später Sitz eines Kindergartens und einer Volksschule. Heute dient die Kirche San Pietro all'Orto als Sitz der Terziere di Cittanova, während der Rest des Gebäudes das Museum für sakrale Kunst, die Sammlung Angiolino Martini für zeitgenössische Kunst und das Museum für antike mechanische Orgeln beherbergt.
