Historie kostela Panny Marie na mostě je úzce spjata s mostem, respektive s mosty, na kterých je postaven.
Na mostě známém jako Diokleciánův most postavili občané v roce 1389 první oratoř - nejprve zasvěcenou Panně Marii z mostu a poté Panně Marii Milostivé -, která byla nutná k ochraně antické sochy nalezené v mostních polích po zemětřesení v roce 1088. Podle tradice, která se nepotvrdila, pochází socha Madony s dítětem z 8. století, je byzantské výroby a byla ukryta v mostě, aby byla uchráněna před obrazoboreckým běsněním, které v těch letech zuřilo.Pravděpodobnější je, jak uvádí historik Antinori, že ve staré kapli byl pouze malovaný obraz Panny Marie a současná terakotová socha pochází z konce 14. století. V první oratoři, která stála na místě dnešní kaple Nejsvětější svátosti, byla soška Madony po boku s postavami dvanácti apoštolů. Právě toto umístění mezi postavy v plné délce vedlo k dokončení původně polovičního mariánského artefaktu. Následné rozšíření oratoře, které bylo nutné kvůli rostoucímu počtu věřících, kteří se obraceli k Madoně del Ponte a získávali od ní hojné milosti, vedlo v pozdějších fázích ke stavbě baziliky v její současné podobě, která se uskutečnila na konci 18. století, navržený architektem Eugeniem Micchitellim, po zbourání jiné bohoslužebné stavby, kostela Santissima Annunziata, první městské katedrály po povýšení Lanciana nejprve na biskupské sídlo (1515) a poté na arcibiskupství (1562).
Fasáda, na níž se začalo pracovat v roce 1819, nebyla nikdy dokončena. Má přední část tvořenou třísvětlovým portikem se sloupy zakončeným balustrádou terasy. Její zdivo je z lícových cihel a je jedním z nejlepších příkladů použití terakoty v architektuře.
Impozantní čtyřpatrovou zvonici (včetně té, která je nyní zasypána kvůli zvýšení a vyrovnání náměstí) postavil v letech 1610-1640 Tommaso Sotardo z Milána. Konsolidační práce na stavbě byly provedeny v letech 1942-43 a nedávno v letech 1985-1996, kdy byla uzavřena po zemětřesení.
