Los trabajos para la construcción de esta parroquia comenzaron en 1247 por voluntad del Podestà de Massa Marittima y terminaron en 1252. En ese momento, esta era la única iglesia dentro de los muros del distrito de Cittanova y se construyó para hacer frente al crecimiento de la población. El hecho de que haya sido encargado por la Comuna Libre indica el deseo de afirmar su autonomía incluso en la esfera eclesiástica. La iglesia tenía una sola nave, el techo hecho de cerchas y arcos de soporte y cumplía las funciones de la Catedral hasta que se construyó la Catedral de San Cerbone. En 1273 el municipio cedió la iglesia a los frailes agustinos, que crearon un convento, pero unos veinte años más tarde transfirió la parroquia a la flamante Iglesia de Sant'Agostino, justo al lado. Desde finales del siglo XVIII hasta la segunda mitad del mismo, el edificio se utilizó como convento y más tarde se convirtió en sede de guarderías y escuelas primarias. Hoy en día la iglesia de San Pietro all'Orto es la sede de las Terziere di Cittanova, mientras que el resto del edificio alberga el Museo de Arte Sacro, la Colección de Arte Contemporáneo Angiolino Martini y el Museo de Órganos Mecánicos Antiguos.
