Criado na década de 70 com o objetivo de coletar e exibir ao público os numerosos achados das escavações de Egnazia, é dividido em seções cronológicas e documenta a história do assentamento desde suas origens até seu declínio.De particular interesse são os espécimes de trozzella, um pote típico da cultura messápica caracterizada por rodas de plástico – chamado "trozze"- aplicado nos cabos. Ao lado da fina cerâmica apule com figuras vermelhas, existem numerosos vasos "estilo Gnathia", em tinta preta com decoração sobreposta em branco e amarelo, difundido por toda a Puglia.
As ânforas, bem como a grande variedade de artefatos, de origem italiana, africana e oriental, testemunham a importância do comércio, o que aumentou graças à construção do porto e da via Trajana.A linda cabeça de Átis com o típico chapéu frígio, pertencente a uma estátua da idade de Adriano e esculpida em mármore branco, é um testemunho da propagação do culto de origem a leste da Grande Mãe dos deuses Cibele.
