L'Église Mère, dédiée à Sainte Marie de la Nativité, représente pour Noci le centre catalyseur de tous les événements historiques, religieux et civils. Ses origines ne sont toujours pas claires. Elle a constitué la première entité historique de Noci : ses pieux constructeurs l'ont nommée Sancta Maria de Nucibus, la dédiant à la Vierge Marie et tirant ce titre des nombreux noyers qui l'entouraient. Le premier établissement s'est formé autour de l'église, qui, en quelques siècles, a été identifiée comme le Casale di Santa Maria delle Noci.
En 1180, l'archevêque Rainaldo de Bari, au nom du pape Alexandre III, reconnaît l'église de Sancta Maria de Nucibus sous la juridiction de Cafisio, évêque de Conversano ; en 1240, par ordre de l'empereur Frédéric II, les hommes de Noci sont obligés de contribuer aux frais de réparation du château de Ruvo.
L'historiographie et la tradition locales anciennes font remonter la construction de l'église à 1316, œuvre du prince de Tarente Filippo I d'Angiò en l'honneur de la Madone. La légende raconte que le prince, venu chasser dans les bois de Noci, fut surpris par un violent orage qui mit sa propre vie en danger. Se réfugiant sous un noyer, il jure que s'il échappe au danger, il construira une église en l'honneur de la Madone. Il est certain que les Angevins ont eu une grande influence sur le développement urbain de Noci. Dès 1470, l'église a été agrandie par le comte Giuliantonio Acquaviva de Conversano.
Au fil du temps, d'autres rénovations et extensions ont suivi, notamment aux XVIIIe et XIXe siècles, qui ont modifié la structure gothique primitive de l'église. La façade a subi ses dernières interventions en 1826, lorsque le grand tympan de style classique a été apposé.
Le clocher, d'environ 35 mètres de haut, a été construit à la place de celui qui existait déjà entre 1758 et 1761 par des maçons de Nocera sur un projet de l'architecte Magarelli de Monopoli. L'intérieur de l'église, avec trois nefs, un autel surélevé et un chœur, est enrichi de nombreuses œuvres d'art en toile et en pierre. On notera en particulier le polyptyque en pierre polychrome, vraisemblablement de l'école de Nuzzo Barba da Galatina (fin du XVe siècle), situé dans le transept derrière le maître-autel, et la Vierge couronnée d'un enfant dans la chapelle de la Vierge de Lorette, une œuvre attribuée au sculpteur Stefano da Putignano (XVIe siècle). Le cycle pictural des fresques de la chapelle de la Sainte Trinité - au bout de la nef droite de l'église - datant de la phase gothique tardive de la Matrice est intéressant.
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