Die internationale Tätigkeit der Akademie hat die Restaurierung und Erhaltung von Instrumenten von großem Wert ermöglicht, darunter eine Orgel von Luigi Benedetto Tronci aus dem Jahr 1793, die in der Kathedrale aufbewahrt wird, und vor allem ein Instrument von Willem Hermans aus dem Jahr 1664, das sich in der Heiliggeistkirche befindet. Bei letzteren gibt es zwei Organe, die sich gegenüberliegen. Die zweite stammt aus dem Jahr 2007 und wurde speziell für Doppel-Orgelkonzerte hinzugefügt, die definitiv nicht üblich sind. Die Akademie besitzt auch mehrere antike Instrumente für Barockmusik, darunter ein perfekt funktionierendes Spinett aus dem Jahr 1731, das von Don Ludovico Giustini, einem Musiker aus Pistoia, benutzt wurde, der 1732 als erster Sonaten für das neugeborene Klavier veröffentlichte. Alle Instrumente können auf Anfrage besichtigt werden und können von jedem kompetenten Musiker, unabhängig von seinem technischen Niveau, frei gespielt werden. Die Akademie organisiert auch Wochenenden mit Barockmusik und natürlich Orgelkonzerte.
