Construit dans les années 70 afin de recueillir et d'exposer au public les nombreuses trouvailles provenant des fouilles d'Egnazia, il est divisé en sections chronologiques et documente l'histoire de l'établissement depuis ses origines jusqu'à son déclin. Les exemples de trozzella, un vase typique de la culture messapienne caractérisé par des roues en plastique - appelées "trozze" - appliquées sur les anses sont particulièrement intéressants. A côté des précieuses céramiques des Pouilles à figures rouges, on trouve de nombreux vases de "style Gnathia", vernis en noir et décorés de blanc et de jaune superposés, très répandus dans les Pouilles.
Les amphores, ainsi que la grande variété d'objets d'art d'origine italienne, africaine et orientale, témoignent de l'importance du commerce, accru grâce à la construction du port et de la Via Traiana. La belle tête d'Attis avec le chapeau phrygien typique, appartenant à une statue de l'époque adriatique sculptée dans du marbre blanc fin, témoigne de la diffusion du culte d'origine orientale de la Grande Mère des dieux Cybèles.
